Okres Malacky v Bratislavském kraji má převážně charakter nížiny, ze které na jihovýchodě vystupuje hřeben Malých Karpat. Hraničí s okresy Senica, Trnava, Pezinok a s hlavním městem Bratislavou. Prakticky celá západní strana okresu je vymezená řekou Moravou, která je hraničním předělem mezi Slovenskem a Rakouskem.
Velkou plochu okresu Malacky tvoří nepřístupný Vojenský obvod Záhorie. Západní část okresu pokrývá Chráněná krajinná oblast Záhorie a na východě již zmiňovaná část hřebenu Malých Karpat.
Od severu na jih napříč okresem vede hlavní silniční a železniční koridor, především dálnice spojující Bratislavu s Brnem a Prahou. Převážná většina měst a obcí se koncentruje v oblasti nížiny.
Nejvyšším bodem okresu Malacky je hora Vysoká v Malých Karpatech, kde je také z tohoto důvodu postaven telekomunikační vysílač.
